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Contexte Scientifique et objectifs de la thèse

Les strongles digestifs sont des vers parasites responsables d’une des principales pathologies observées chez des animaux élevés au pâturage. Tous les petits ruminants qui exploitent l’herbe y sont confrontés, en zone tempérée comme en zone tropicale. Pendant des décennies, l’usage  systématique des vermifuges de synthèse, appelés anthelminthiques, a eu pour conséquence l’apparition de résistances de plus en plus nombreuses au sein des troupeaux. En conséquence, ces populations parasitaires ont développé une résistance forte vis-à-vis du traitement. La situation est si problématique, que dans certains élevages, toutes les molécules connues ne présentent aucune efficacité contre ces vers. Afin de prolonger l'utilisation des anthelmintiques et d'éviter une impasse thérapeutique, il est urgent de développer des stratégies de gestion plus intégrées, limitant le recours aux molécules chimiques à des cas extrêmes.

C’est dans ce contexte de recherche d'alternatives à l’utilisation des molécules anthelmintiques que cette thèse se déroulera. L’originalité de cette thèse est, en particulier, de promouvoir l’utilisation du comportement animal comme moyen d’assurer la santé des animaux. En effet, les petits ruminants, comme beaucoup d'autres espèces, utilisent l’olfaction pour se prémunir des dangers, que ce soit en reconnaissant des odeurs de prédateurs ou en identifiant d’éventuels vecteurs de maladies ou de substances toxiques. Dans ce contexte, le travail de thèse va investiguer une stratégie originale autour du comportement animal et du sens primaire de l’olfaction. Ce sens guide les activités vitales de recherche alimentaire, l’évitement des prédateurs, la communication entre individus, et peut être mobilisé pour l’évitement des zones pâturées souillées par les fèces, selon plusieurs études.

Plusieurs études ont d’e effet été menées sur ce sujet, démontrant la capacité des petits ruminants à éviter de pâturer sur des endroits contaminés par des fèces, s'ils en ont la possibilité. Cette capacité d’évitement est particulièrement intéressante dans notre contexte, car elle peut permetre de rompre le cycle naturel d’infestation des animaux, en limitant l’ingestion de larves. Une étude suggère même un fondement génétique de la capacité d’évitement chez le mouton, ouvrant la porte à la mise en place de schémas de sélection.

L'objectif de cette thèse est de caractériser finement la capacité des chèvres à exprimer un comportement d’évitement vis-à-vis des fèces, à l’aide de tests comportementaux standardisés. Il s’agira notamment de mettre en évidence une éventuelle variation individuelle de la capacité d’évitement, ainsi qu'un fondement génétique de ce comportement. Ces travaux permettront d'évaluer l'intérêt d'introduire le comportement d'évitement dans une perspective de gestion intégrée du parasitisme, voire, en fonction des résultats, de sélectionner pour un comportement favorable.

Candidat-e recherché-e

La thèse possède une forte composante expérimentale, avec des animaux d’élevage en ferme, notamment pour la mise en place des tests comportementaux sur des chèvres en station expérimentale. L'analyse des résultats demandera des compétences de base en statistiques descriptives et en génétique. Des candidat(e)s sérieux(ses), possédant des compétences en expérimentations animales et sachant s’intégrer dans un collectif sont attendus. Des compétences en éthologie seraient un plus appréciées.

Les travaux de thèse se dérouleront sur le site INRAE de Petit-Bourg, en Guadeloupe, sur le site de Duclos. L’unité d’accueil est hautement pluridisciplinaire et s’attache à développer des solutions d’élevage agro-écologiques dans un milieu à fortes contraintes, notamment climatiques. Cette thèse, qui formera aux métiers de la recherche, permettra de développer des compétences en gestion de dispositifs expérimentaux, en comportement animal, en parasitisme, en analyse de données génétiques animale,  et prendra en main des méthodes de suivi automatique du comportement.

Pour candidater

Envoyer un CV et une lettre de motivation à mathieu.bonneau@inrae.fr. Date limite de candidature au 15 juin 2024.