Offre de thèse 2019

Prise en compte de l’information génomique pour la sélection de caprins allaitants en milieu tropical

Les strongyloses gastro-intestinales (SGI) représentent une contrainte pathologique majeure des petits ruminants dans les systèmes pâturés, particulièrement en zone tropicale humide. Depuis quelques années, la stratégie d'éradication des parasites a évolué vers une logique de manipulation des équilibres hôtes-parasites. La résistance génétique aux strongles gastro-intestinaux s'inscrit dans cette nouvelle démarche et y tient un rôle incontournable en complémentarité avec les stratégies à moins long terme. Depuis plus de 15 ans, en Guadeloupe, l’équipe INRA-URZ travaille à l’évaluation de la variabilité génétique disponible pour la sélection sur le caractère de résistance aux SGI chez la chèvre Créole et à la proposition d’outils pour mettre en œuvre un schéma d’amélioration génétique dans cette petite population. Un dispositif de détection de QTL a été conçu avec la puce haute densité genome-wide Illumina goat SNP50 Beadchip. L’objectif est de détecter des QTL liés au contrôle génétique des caractères de résistance et de résilience. Ces QTL seront validés et leur position précisée en s’appuyant sur des données de transcriptomique, et des analyses de gènes candidats impliqués dans la réponse immunitaire (étroitement associée à la résistance génétique), à la fois au niveau des transcrits (ARN) et des protéines. La modélisation moléculaire par homologie permettra de mettre en évidence les gènes traduits en protéines dysfonctionnelles. L’intérêt de ces données omics sera testé pour l’optimisation de l’objectif de sélection disponible pour cette population de chèvre Créole.
Une opportunité de financement particulière concerne les étudiants déclarants leurs impôts en Guadeloupe.

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Date de modification : 22 octobre 2019 | Date de création : 21 octobre 2019 | Rédaction : nathalie.mandonnet@inra.fr